Voraussetzung für eine erfolgversprechende Behandlung mit Schüßlersalzen ist die korrekte Auswahl der Mittel. Ein falsch eingesetztes Schüßlersalz schadet zwar nicht, es hilft aber auch nicht.
Die Auswahl der Schüßlersalze richtet sich in der Regel nach dem Körpergewebe bzw. der Körperfunktion, in welchem sich die Störung befindet. Jedes der zwölf Schüßlersalze lässt sich entweder einem Gewebe oder einer Körperfunktion zuordnen:
1 Calcium fluoratum - Bindegewebe, Gelenke, Haut
2 Calcium phosphoricum - Knochen, Zähne
3 Ferrum phosphoricum - Immunsystem
4 Kalium chloratum - Schleimhäute
5 Kalium phosphoricum - Muskeln, Nerven und Psyche
6 Kalium sulfuricum - Haut und Entgiftung
7 Magnesium phosphoricum - Krämpfe und Schmerzen
8 Natrium chloratum - Flüssigkeitshaushalt
9 Natrium phosphoricum - Stoffwechsel
10 Natrium sulfuricum - Ausscheidung
11 Silicea - Bindegewebe, Haut, Fell
12 Calcium sulfuricum - Gelenke
Anhand dieser Zuordnung kann man bereits häufig das entsprechende Mittel identifizieren und eine Vorauswahl treffen. Im weiteren Verlauf sollte man sich jedoch auch die Beschreibung der Salze genau durchlesen und nur dasjenige Mittel anwenden, was auch tatsächlich zur jeweiligen Störung der Katze passt.
Bei der Auswahl der entsprechenden Mittel sollte zwischen akuten und chronischen Störungen unterschieden werden. Akute Beschwerden stehen immer im Vordergrund und sollten dementsprechend auch zuerst behandelt werden. Erst nach Abklingen der akuten Störungen rücken die chronischen wieder in den Vordergrund und werden für eine Behandlung zugänglich.
Weitere Hinweise zur Mittelwahl gibt die sogenannte Signaturendiagnostik. Schüßler entdeckte im Laufe seiner Tätigkeit als homöopathischer Arzt, dass häufig auch an bestimmten körperlichen Merkmalen ein Mineralienungleichgewicht am Patienten erkennbar ist. Die Signaturendiagnostik ist selbstverständlich in erster Linie auf den Menschen ausgerichtet, doch lassen sich viele der entsprechenden äußeren Merkmale auch bei Tieren und Katzen feststellen, so dass auch diese charakteristischen Mangelzeichen zur Überprüfung des ausgewählten Mittels herangezogen werden können. Die entsprechenden körperlichen Merkmale sind in den Beschreibungen der Schüßlersalze mit aufgeführt. Die Merkmale der Signaturen sollten jedoch nie alleiniges Auswahlkriterium sein.